念珠菌病的检查可在实验室采取标本检查方法，另外可根据组织病理的变化进行检查。

实验室检查一般可从念珠菌患者病变处刮取或拭取一定量的标本，然后制作氢氧化钾湿堆片，或涂片革兰染色进行检查。若发现有大量的球状的出芽酵母菌型和假菌丝，则基本可确定为念珠菌的特点。若怀疑有念珠菌食管炎的患者在标本检查时应同时做活检,以进一步从组织病理学鉴别是否为念珠菌侵袭黏膜。

组织病理上念珠菌可分为皮肤念珠菌病和系统性念珠菌病，皮肤念珠菌病表现为 的慢性炎症或角层下海绵状有脓疱形成，角层浅部存在少量分隔。慢性皮肤黏膜念珠菌病表皮示乳头状增生，在角层及角栓内有成团和散在的菌丝和孢子。念珠菌肉芽肿呈明显乳头瘤样增生及角化过度，有游走到表皮的炎性*， 内可见致密的淋巴样*、中性粒*、浆*及多核巨*浸润，并深入至皮下，偶尔在 中可发现菌丝及孢子。系统性念珠菌病的真菌在镜下呈急性炎症反应，有以中性粒*浸润为主的微脓肿，HE染色可见脓*间散布有浅色酵母样菌体，PAS及GMS染色可见呈薄壁的卵圆形孢子，3～6µm大小，有假菌丝。

念珠菌通过组织病理检查能准确的诊断是够患有念珠菌，并能判断念珠菌的类型，因此采用较为广泛。