扁平疣治疗上通常采用外部治疗为主，激光、电离子、疣体自身埋植等治疗手段不建议使用，否则，会引起同型反应，导致病情变本加厉地加重，甚至会转化为严重的疣状表皮发育不良。

一般情况下主要通过外用药物及体内注射*调节剂达到*清除病毒，外部用药一般主要针对于使疣体蛋白脱水、变性、坏死、结痂脱落的过程。而扁平疣病毒主要集中在皮肤表皮的第四层*(棘*)，只有通过联合用药才可以把体内的病毒*清除，达到*治疗的目的。

在外部用药的同时配合注射各种可病毒类的药物进行治疗结果好，所以专家建议扁平疣患者应该在医生的指导下进行科学用药较。